- Программы фундаментальных научных исследований государственных академий наук на 2008 - 2012 годы, утвержденной распоряжением Правительства РФ от 27.02.2008 г. №233-р и финансировавшейся в установленном порядке из средств федерального бюджета;
- Следующих программ фундаментальных исследований Президиума РАН и ОБН РАН:
- «Биологическое разнообразие», Подпрограмма «Генофонды и генетическое разнообразие»
- «Фундаментальные науки – медицине»
- «Молекулярная и клеточная биология»
- «Фундаментальные проблемы океанологии»
- «Происхождение и эволюция биосферы»
- «Поддержка инноваций и разработок»
- Программы целевых расходов Президиума РАН «Поддержка Молодых ученых»
Институт выполнял работы по ФЦП «Исследования и разработки по приоритетным направлениям развития научно-технологического комплекса России на 2007—2012 годы», «Научные и научно-педагогические кадры инновационной России», Научно-технической программе Федерального агентства лесного хозяйства РФ, а также по грантам РФФИ и гранту Президента РФ для государственной поддержки ведущих научных школ.