В настоящее время
Сейчас в структуре Института 20 научных лабораторий, 4 научные группы, 1 международный центр-лаборатория и 2 центра коллективного пользования. Cанкт-Петербургский филиал ИОГен РАН (директор — д.б.н. Галкин Алексей Петрович) включает 3 научные лаборатории.
В число научных сотрудников Института входят академик РАН С.В. Шестаков, а также Советник РАН чл.- корр. РАН И.А. Захаров-Гезехус. С 2016 г. научным руководителем института стал академик Н.К. Янковский.
При институте работают Учебно-научный центр (УНЦ), Научно-образовательный центр (НОЦ), диссертационный совет Д 002.214.01 по защите диссертаций на соискание ученой степени доктора и кандидата наук по специальности 03.02.07 — генетика (биологические науки).